В соответствии с абзацем первым пункта 3 статьи 361.1 и абзацем первым пункта 10 статьи 396 Налогового кодекса Российской Федерации (далее – Кодекс) налогоплательщики, имеющие право на налоговые льготы, установленные законодательством о налогах, с  1 января 2020 года вправе представить в налоговый орган заявление о предоставлении налоговой льготы (далее - заявление о льготе).

По результатам рассмотрения заявления о льготе налоговый орган направляет налогоплательщику уведомление о предоставлении налоговой льготы либо сообщение об отказе от предоставления налоговой льготы (абзац шестой пункта 3 статьи 361.1, абзац второй пункта 10 статьи 396 Кодекса).

В течение налогового периода налогоплательщики уплачивают авансовые платежи по налогам, если законом субъекта Российской Федерации о транспортном налоге или нормативным правовым актом представительного органа муниципального образования (законами городов федерального значения Москвы, Санкт-Петербурга и Севастополя) о земельном налоге не предусмотрено иное. По истечении налогового периода налогоплательщики уплачивают суммы налогов, исчисленные в порядке, предусмотренном пунктом 2 статьи 362 и пунктом 5 статьи 396 Кодекса (пункт 3 статьи 363, пункт 2 статьи 397 Кодекса).

Вышеперечисленные нормы Кодекса не связывают уплату авансовых платежей по налогам и применение налоговых льгот с обязательным представлением заявления о льготе и получением уведомления о предоставлении налоговой льготы до окончания срока уплаты авансовых платежей по налогам за первый квартал налогового периода.

В то же время необходимо понимать, что в соответствии с пунктом 4 статьи 363 и пунктом 5 статьи 397 Кодекса начиная с 01.01.2021 в целях обеспечения полноты уплаты налогов налоговые органы передают (направляют) налогоплательщикам (их обособленным подразделениям) по месту нахождения принадлежащих им транспортных средств / земельных участков сообщения об исчисленных налоговыми органами суммах налогов (далее - Сообщение).

Сообщение составляется на основе информации, имеющейся у налогового органа, в т.ч. результатов рассмотрения заявления о льготе.

Таким образом, если налоговый орган на дату составления Сообщения не обладает информацией о предоставленной налоговой льготе, в Сообщение будут включены суммы исчисленных налогов без учета этой льготы.

В дальнейшем в соответствии с пунктом 6 статьи 363 и пунктом 5 статьи 397 Кодекса налогоплательщик вправе в течение десяти дней со дня получения Сообщения представить в налоговый орган пояснения и (или) документы, подтверждающие обоснованность применения налоговых льгот, в частности заявление о льготе за соответствующий период, если ранее оно не направлялось.

Если по итогам рассмотрения налоговым органом пояснений и (или) документов будет выявлена недоимка по налогу (например, в связи с тем, что налогоплательщик не представлял в налоговый орган заявление о льготе либо получил сообщение об отказе от предоставления налоговой льготы, при этом фактически учитывал налоговую льготу и это привело к занижению суммы уплаченного налога), налоговый орган направляет налогоплательщику требование об уплате налога и принимает установленные законодательством меры по взысканию недоимки (абзац третий пункта 7 статьи 363, абзац второй пункта 5 статьи 397 Кодекса).